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This gene encodes a DNA topoisomerase, an enzyme that controls and alters the topologic states of DNA during transcription. This enzyme catalyzes the transient breaking and rejoining of a single strand of DNA which allows the strands to pass through one another, thus relaxing the supercoils and altering the topology of DNA. The enzyme interacts with DNA helicase SGS1 and plays a role in DNA recombination, cellular aging and maintenance of genome stability. Low expression of this gene may be related to higher survival rates in breast cancer patients. This gene has a pseudogene on chromosome 22. Alternate splicing results in multiple transcript variants. Additional alternatively spliced transcript variants of this gene have been described, but their full-length nature is not known. [provided by RefSeq, Aug 2013]
TOP3B (DNA Topoisomerase III Beta) is a Protein Coding gene. Diseases associated with TOP3B include Chromosome 22Q11.2 Duplication Syndrome and Chromosome 22Q11.2 Deletion Syndrome, Distal. Among its related pathways are Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates and Fanconi anemia pathway. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include DNA topoisomerase activity. An important paralog of this gene is TOP3A.
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0003677 | DNA binding | IEA | -- |
GO:0003723 | RNA binding | HDA | 22658674 |
GO:0003916 | DNA topoisomerase activity | IEA,IBA | 21873635 |
GO:0003917 | DNA topoisomerase type I activity | IEA | -- |
GO:0005515 | protein binding | IPI | 25416956 |
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0000793 | condensed chromosome | IEA | -- |
GO:0005634 | nucleus | TAS,IBA | 21873635 |
SuperPathway | Contained pathways | ||
---|---|---|---|
1 | Fanconi anemia pathway | ||
2 | Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates |
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0006265 | DNA topological change | IEA,IBA | 21873635 |
GO:0007059 | chromosome segregation | IEA | -- |
Name | Status | Disease Links | Group | Role | Mechanism of Action | Clinical Trials |
---|---|---|---|---|---|---|
Irinotecan | Approved, Investigational | Pharma | Topoisomerase I inhibitor, TOPO I inhibitor, Topoisomerase 1 Inhibitors | 1414 | ||
Topotecan | Approved, Investigational | Pharma | Topoisomerase 1 inhibitor, TOPO I inhibitor, Topoisomerase 1 Inhibitors | 384 | ||
Camptothecin | Experimental | Pharma | Topoisomerase I inhibitor,prototypic | 119 | ||
Beta-Lapachone | Pharma | DNA topoisomerase I inhibitor,selective | 14 | |||
Epirubicin HCl | Pharma | Antibiotic antitumor agent | 0 |
Compound | Action | Cas Number |
---|---|---|
Beta-Lapachone | DNA topoisomerase I inhibitor,selective | 4707-32-8 |
Camptothecin | Topoisomerase I inhibitor,prototypic | 7689-03-4 |
Epirubicin HCl | Antibiotic antitumor agent | 56390-09-1 |
Idarubicin HCl | Anthracycline and daunorubicin analog,topoisomerase inhibitor | 57852-57-0 |
Irinotecan | Topoisomerase I inhibitor | 97682-44-5 |
Moxifloxacin HCl | Fluoroquinolone antibiotic | 186826-86-8 |
Topotecan HCl | Topoisomerase 1 inhibitor | 119413-54-6 |
Voreloxin | Topo II inhibitor | 175414-77-4 |
Voreloxin Hydrochloride | Antineoplastic naphthyridine analogue | 175519-16-1 |
ExUns: | 1a | · | 1b | · | 1c | · | 1d | · | 1e | ^ | 2 | ^ | 3a | · | 3b | ^ | 4a | · | 4b | ^ | 5a | · | 5b | ^ | 6a | · | 6b | · | 6c | · | 6d | · | 6e | ^ | 7a | · | 7b | ^ | 8a | · | 8b | ^ | 9 | ^ | 10 | ^ | 11a | · | 11b | ^ | 12 | ^ |
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SP1: | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP2: | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP3: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP4: | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP5: | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP6: | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP7: | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP8: | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP9: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP10: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP11: | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP12: | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP13: | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP14: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP15: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP16: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP17: | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP18: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP19: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP20: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP21: |
ExUns: | 13a | · | 13b | ^ | 14 | ^ | 15 | ^ | 16 | ^ | 17a | · | 17b | ^ | 18 | ^ | 19 | ^ | 20 | ^ | 21a | · | 21b | · | 21c | ^ | 22 | ^ | 23 | ^ | 24a | · | 24b | ^ | 25 | ^ | 26 |
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SP1: | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP2: | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP3: | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP4: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP5: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP6: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP7: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP8: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP9: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP10: | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP11: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP12: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP13: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP14: | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP15: | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP16: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP17: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP18: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP19: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP20: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP21: |
This gene was present in the common ancestor of eukaryotes.
Organism | Taxonomy | Gene | Similarity | Type | Details |
---|---|---|---|---|---|
Chimpanzee (Pan troglodytes) |
Mammalia | TOP3B 30 31 |
|
OneToOne | |
Oppossum (Monodelphis domestica) |
Mammalia | TOP3B 31 |
|
OneToOne | |
Dog (Canis familiaris) |
Mammalia | TOP3B 30 31 |
|
OneToOne | |
Platypus (Ornithorhynchus anatinus) |
Mammalia | -- 31 |
|
OneToMany | |
-- 31 |
|
OneToMany | |||
Cow (Bos Taurus) |
Mammalia | TOP3B 30 |
|
||
Rat (Rattus norvegicus) |
Mammalia | Top3b 30 |
|
||
Mouse (Mus musculus) |
Mammalia | Top3b 30 17 31 |
|
OneToOne | |
Chicken (Gallus gallus) |
Aves | TOP3B 30 31 |
|
OneToOne | |
Lizard (Anolis carolinensis) |
Reptilia | TOP3B 31 |
|
OneToOne | |
Tropical Clawed Frog (Silurana tropicalis) |
Amphibia | top3b 30 |
|
||
African clawed frog (Xenopus laevis) |
Amphibia | MGC53016 30 |
|
||
Zebrafish (Danio rerio) |
Actinopterygii | top3b 31 |
|
OneToOne | |
LOC793414 30 |
|
||||
Fruit Fly (Drosophila melanogaster) |
Insecta | Top3beta 30 31 |
|
OneToOne | |
Top3&bgr; 32 |
|
|
|||
Worm (Caenorhabditis elegans) |
Secernentea | Y48C3A.14 30 31 32 |
|
OneToOne | |
Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) |
Saccharomycetes | TOP3 31 |
|
OneToMany | |
Thale Cress (Arabidopsis thaliana) |
eudicotyledons | AT2G32000 30 |
|
||
Rice (Oryza sativa) |
Liliopsida | Os09g0500600 30 |
|
||
Sea Squirt (Ciona savignyi) |
Ascidiacea | -- 31 |
|
OneToOne | |
Sea Vase (Ciona intestinalis) |
Ascidiacea | Cin.5407 30 |
|
SNP ID | Clinical significance and condition | Chr 22 pos | Variation | AA Info | Type |
---|---|---|---|---|---|
715206 | Benign: not provided | 21,958,485(-) | C/T | MISSENSE_VARIANT,NON_CODING_TRANSCRIPT_VARIANT,INTRON_VARIANT | |
730811 | Likely Benign: not provided | 21,963,992(-) | G/A | MISSENSE_VARIANT,NON_CODING_TRANSCRIPT_VARIANT | |
740127 | Likely Benign: not provided | 21,962,883(-) | C/T | NON_CODING_TRANSCRIPT_VARIANT,SYNONYMOUS_VARIANT | |
740830 | Likely Benign: not provided | 21,963,930(-) | G/A | NON_CODING_TRANSCRIPT_VARIANT,SYNONYMOUS_VARIANT | |
770011 | Benign: not provided | 21,957,510(-) | G/A | NON_CODING_TRANSCRIPT_VARIANT,SYNONYMOUS_VARIANT,THREE_PRIME_UTR_VARIANT |
Disorder | Aliases | PubMed IDs |
---|---|---|
chromosome 22q11.2 duplication syndrome |
|
|
chromosome 22q11.2 deletion syndrome, distal |
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digeorge syndrome |
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