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SMC2 (Structural Maintenance Of Chromosomes 2) is a Protein Coding gene. Diseases associated with SMC2 include Pleural Empyema and Cornelia De Lange Syndrome. Among its related pathways are ATM Pathway and Mitotic Prophase. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include protein heterodimerization activity. An important paralog of this gene is SMC1B.
GeneHancer (GH) Identifier | GH Type | GH Score |
GH Sources | Gene Association Score | Total Score | TSS distance (kb) | Number of Genes Away | Size (kb) | Transcription Factor Binding Sites |
Gene Targets |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
GH09J104091 | Promoter/Enhancer | 2 | EPDnew Ensembl ENCODE CraniofacialAtlas | 633 | 0.0 | -31 | 5.3 | CREB1 GATAD2A PRDM10 ZNF629 REST ZNF692 POLR2A LARP7 GABPA PRDM1 | SMC2 SMC2-AS1 piR-38351-496 | |
GH09J104231 | Enhancer | 0.7 | FANTOM5 Ensembl ENCODE | 27.7 | +139.3 | 139269 | 2.4 | ATF2 MAFK | piR-32861-081 piR-49423-287 SMC2 FJ601684-463 OR13F1 | |
GH09J104074 | Enhancer | 0.8 | Ensembl ENCODE | 14.9 | -18.3 | -18322 | 3.7 | CEBPB SP1 YY1 ZBTB33 JUND NFIC FOSL2 CEBPG BHLHE40 ATF4 | SMC2 piR-38351-496 piR-42491-235 LOC101928523 | |
GH09J103990 | Enhancer | 0.5 | Ensembl | 14.6 | -102.5 | -102459 | 1.4 | TEAD4 POLR2A JUNB IRF4 BATF TBP ATF2 | SMC2 RF00994-1148 LOC105376193 lnc-OR13C4-8 lnc-SMC2-3 CYLC2 | |
GH09J104081 | Enhancer | 0.3 | Ensembl | 5.7 | -11.4 | -11359 | 1.2 | SPI1 | piR-38351-496 SMC2 SMC2-AS1 LOC101928523 |
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0000166 | nucleotide binding | IEA | -- |
GO:0003697 | single-stranded DNA binding | IEA | -- |
GO:0005515 | protein binding | IPI | 9789013 |
GO:0005524 | ATP binding | IEA | -- |
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0000228 | nuclear chromosome | IDA | 10958694 |
GO:0000793 | condensed chromosome | IDA | 12589063 |
GO:0000796 | condensin complex | IDA | 10958694 |
GO:0000797 | condensin core heterodimer | IDA | 9789013 |
GO:0005634 | nucleus | IEA,IDA | 12589063 |
SuperPathway | Contained pathways | ||
---|---|---|---|
1 | Cell Cycle, Mitotic |
.83
|
.60
|
2 | Mitotic Prometaphase | ||
3 | Chromatin Regulation / Acetylation | ||
4 | DNA Damage | ||
5 | ATM Pathway |
ATM Pathway
.45
|
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0007049 | cell cycle | IEA | -- |
GO:0007076 | mitotic chromosome condensation | TAS,IDA | 11136719 |
GO:0010032 | meiotic chromosome condensation | IEA | -- |
GO:0030261 | chromosome condensation | IEA | -- |
GO:0045132 | meiotic chromosome segregation | IEA | -- |
Compound | Action | Cas Number |
---|---|---|
KPT-185 | CRM1 inhibitor,selective and irrversible | 1333151-73-7 |
KPT-276 | 1421919-75-6 | |
KPT-330 | 1393477-72-9 | |
Verdinexor (KPT-335) | 1392136-43-4 |
ExUns: | 1a | · | 1b | · | 1c | · | 1d | · | 1e | · | 1f | ^ | 2a | · | 2b | · | 2c | ^ | 3 | ^ | 4 | ^ | 5 | ^ | 6a | · | 6b | ^ | 7a | · | 7b | ^ | 8 | ^ | 9a | · | 9b | ^ | 10a | · | 10b | ^ | 11a | · | 11b | ^ | 12 | ^ | 13 | ^ | 14 | ^ |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SP1: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP2: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP3: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP4: | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP5: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP6: | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP7: | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP8: | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP9: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP10: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP11: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP12: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP13: | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP14: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP15: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP16: | - |
ExUns: | 15a | · | 15b | ^ | 16 | ^ | 17 | ^ | 18 | ^ | 19a | · | 19b | · | 19c | ^ | 20a | · | 20b | ^ | 21 | ^ | 22a | · | 22b | ^ | 23 | ^ | 24a | · | 24b | ^ | 25a | · | 25b |
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SP1: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP2: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP3: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP4: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP5: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP6: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP7: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP8: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP9: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP10: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP11: | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP12: | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP13: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP14: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP15: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP16: |
This gene was present in the common ancestor of eukaryotes.
Organism | Taxonomy | Gene | Similarity | Type | Details |
---|---|---|---|---|---|
Chimpanzee (Pan troglodytes) |
Mammalia | SMC2 30 31 |
|
OneToOne | |
Dog (Canis familiaris) |
Mammalia | SMC2 30 31 |
|
OneToOne | |
Cow (Bos Taurus) |
Mammalia | SMC2 30 31 |
|
OneToOne | |
Mouse (Mus musculus) |
Mammalia | Smc2 30 17 31 |
|
OneToOne | |
Rat (Rattus norvegicus) |
Mammalia | Smc2 30 |
|
||
Oppossum (Monodelphis domestica) |
Mammalia | SMC2 31 |
|
OneToOne | |
Platypus (Ornithorhynchus anatinus) |
Mammalia | SMC2 31 |
|
OneToOne | |
Chicken (Gallus gallus) |
Aves | SMC2 30 31 |
|
OneToOne | |
Lizard (Anolis carolinensis) |
Reptilia | SMC2 31 |
|
OneToOne | |
Tropical Clawed Frog (Silurana tropicalis) |
Amphibia | LOC100486893 30 |
|
||
Str.234 30 |
|
||||
African clawed frog (Xenopus laevis) |
Amphibia | XCAP-E 30 |
|
||
Zebrafish (Danio rerio) |
Actinopterygii | smc2 30 31 |
|
OneToOne | |
hmzeh1628 30 |
|
||||
Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) |
Actinopterygii | Omy.13481 30 |
|
||
African malaria mosquito (Anopheles gambiae) |
Insecta | AgaP_AGAP011425 30 |
|
||
Fruit Fly (Drosophila melanogaster) |
Insecta | SMC2 30 31 |
|
OneToOne | |
Worm (Caenorhabditis elegans) |
Secernentea | mix-1 31 |
|
OneToOne | |
K. Lactis Yeast (Kluyveromyces lactis) |
Saccharomycetes | KLLA0D16005g 30 |
|
||
Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) |
Saccharomycetes | SMC2 30 31 33 33 |
|
OneToOne | |
A. gosspyii yeast (Eremothecium gossypii) |
Saccharomycetes | AGOS_AGR236W 30 |
|
||
Thale Cress (Arabidopsis thaliana) |
eudicotyledons | SMC2 30 |
|
||
Rice (Oryza sativa) |
Liliopsida | Os01g0904400 30 |
|
||
Barley (Hordeum vulgare) |
Liliopsida | Hv.4594 30 |
|
||
Wheat (Triticum aestivum) |
Liliopsida | Ta.20443 30 |
|
||
Corn (Zea mays) |
Liliopsida | Zm.10261 30 |
|
||
Sea Squirt (Ciona savignyi) |
Ascidiacea | CSA.3109 31 |
|
OneToOne | |
Fission Yeast (Schizosaccharomyces pombe) |
Schizosaccharomycetes | cut14 30 |
|
||
Bread mold (Neurospora crassa) |
Ascomycetes | NCU07679 30 |
|
||
Sea Vase (Ciona intestinalis) |
Ascidiacea | Cin.2681 30 |
|
SNP ID | Clinical significance and condition | Chr 09 pos | Variation | AA Info | Type |
---|---|---|---|---|---|
739502 | Benign: not provided | 104,102,152(+) | C/T | MISSENSE_VARIANT | |
770389 | Benign: not provided | 104,118,234(+) | G/T | MISSENSE_VARIANT | |
778437 | Benign: not provided | 104,134,518(+) | A/G | MISSENSE_VARIANT | |
787626 | Likely Benign: not provided | 104,098,498(+) | A/C | MISSENSE_VARIANT | |
787706 | Benign: not provided | 104,111,667(+) | T/C | SYNONYMOUS_VARIANT |
Disorder | Aliases | PubMed IDs |
---|---|---|
pleural empyema |
|
|
cornelia de lange syndrome |
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