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This gene is a candidate tumor suppressor gene which encodes a nuclear RNA binding protein that is a component of the spliceosome A complex. The encoded protein plays a role in the induction of cell cycle arrest and apoptosis through pre-mRNA splicing of multiple target genes including the tumor suppressor protein p53. This gene is located within the tumor suppressor region 3p21.3, and may play a role in the inhibition of tumor transformation and progression of several malignancies including lung cancer. [provided by RefSeq, Oct 2011]
RBM5 (RNA Binding Motif Protein 5) is a Protein Coding gene. Diseases associated with RBM5 include Lung Cancer and Testis Seminoma. Among its related pathways are Gene Expression and mRNA Splicing - Major Pathway. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include nucleic acid binding and RNA binding. An important paralog of this gene is RBM10.
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0003676 | nucleic acid binding | IEA | -- |
GO:0003677 | DNA binding | TAS | 10352938 |
GO:0003723 | RNA binding | TAS,IBA | 21873635 |
GO:0003729 | mRNA binding | IDA | 18840686 |
GO:0005515 | protein binding | IPI | 18951082 |
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0005634 | nucleus | TAS,IDA | 18951082 |
GO:0005654 | nucleoplasm | IDA,TAS | -- |
GO:0005681 | spliceosomal complex | IEA,TAS | 18951082 |
SuperPathway | Contained pathways | ||
---|---|---|---|
1 | mRNA Splicing - Major Pathway |
.79
|
.41
|
2 | Gene Expression |
.48
|
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0000245 | spliceosomal complex assembly | IDA | 18951082 |
GO:0000381 | regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome | IEA,IDA | 18840686 |
GO:0000398 | mRNA splicing, via spliceosome | TAS | -- |
GO:0006396 | RNA processing | TAS | 10352938 |
GO:0006397 | mRNA processing | IEA | -- |
ExUns: | 1a | · | 1b | · | 1c | · | 1d | · | 1e | ^ | 2 | ^ | 3 | ^ | 4a | · | 4b | ^ | 5 | ^ | 6a | · | 6b | · | 6c | · | 6d | ^ | 7a | · | 7b | · | 7c | · | 7d | · | 7e | ^ | 8 | ^ | 9a | · | 9b | · | 9c | · | 9d | ^ | 10 | ^ | 11a | · |
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SP1: | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP2: | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP3: | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP4: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP5: | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP6: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP7: | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP8: | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP9: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP10: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP11: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP12: | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP13: | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP14: | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP15: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP16: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP17: | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||
SP18: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP19: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP20: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP21: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP22: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP23: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP24: |
ExUns: | 11b | ^ | 12 | ^ | 13 | ^ | 14a | · | 14b | · | 14c | ^ | 15 | ^ | 16 | ^ | 17 | ^ | 18 | ^ | 19 | ^ | 20 | ^ | 21a | · | 21b | ^ | 22 | ^ | 23a | · | 23b | ^ | 24a | · | 24b | ^ | 25a | · | 25b | · | 25c | ^ | 26a | · | 26b | ^ | 27 | ^ | 28a | · |
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SP1: | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP2: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP3: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP4: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP5: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP6: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP7: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP8: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP9: | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP10: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP11: | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP12: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP13: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP14: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP15: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP16: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP17: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP18: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP19: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP20: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP21: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP22: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP23: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP24: |
ExUns: | 28b | ^ | 29a | · | 29b | · | 29c |
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SP1: | |||||||
SP2: | |||||||
SP3: | |||||||
SP4: | |||||||
SP5: | |||||||
SP6: | |||||||
SP7: | |||||||
SP8: | |||||||
SP9: | |||||||
SP10: | |||||||
SP11: | |||||||
SP12: | |||||||
SP13: | |||||||
SP14: | |||||||
SP15: | |||||||
SP16: | |||||||
SP17: | |||||||
SP18: | |||||||
SP19: | |||||||
SP20: | |||||||
SP21: | |||||||
SP22: | |||||||
SP23: | |||||||
SP24: |
This gene was present in the common ancestor of animals.
Organism | Taxonomy | Gene | Similarity | Type | Details |
---|---|---|---|---|---|
Chimpanzee (Pan troglodytes) |
Mammalia | RBM5 30 31 |
|
OneToOne | |
Dog (Canis familiaris) |
Mammalia | RBM5 30 31 |
|
OneToOne | |
Platypus (Ornithorhynchus anatinus) |
Mammalia | RBM5 31 |
|
OneToOne | |
Cow (Bos Taurus) |
Mammalia | RBM5 30 31 |
|
OneToOne | |
Oppossum (Monodelphis domestica) |
Mammalia | RBM5 31 |
|
OneToOne | |
Rat (Rattus norvegicus) |
Mammalia | Rbm5 30 |
|
||
Mouse (Mus musculus) |
Mammalia | Rbm5 30 17 31 |
|
OneToOne | |
Chicken (Gallus gallus) |
Aves | RBM5 31 |
|
OneToOne | |
Lizard (Anolis carolinensis) |
Reptilia | RBM5 31 |
|
OneToOne | |
Tropical Clawed Frog (Silurana tropicalis) |
Amphibia | rbm5 30 |
|
||
Str.11018 30 |
|
||||
African clawed frog (Xenopus laevis) |
Amphibia | MGC68576 30 |
|
||
Zebrafish (Danio rerio) |
Actinopterygii | rbm5 30 31 |
|
OneToOne | |
Dr.24454 30 |
|
||||
Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) |
Actinopterygii | Omy.12407 30 |
|
||
Fruit Fly (Drosophila melanogaster) |
Insecta | CG4896 31 32 |
|
ManyToMany | |
CG4887 31 32 |
|
ManyToMany | |||
Worm (Caenorhabditis elegans) |
Secernentea | T08B2.5 30 31 |
|
OneToMany | |
Sea Squirt (Ciona savignyi) |
Ascidiacea | -- 31 |
|
OneToMany |
SNP ID | Clinical significance and condition | Chr 03 pos | Variation | AA Info | Type |
---|---|---|---|---|---|
rs56783610 | - | p.Lys163Asn |
Disorder | Aliases | PubMed IDs |
---|---|---|
lung cancer |
|
|
testis seminoma |
|
|