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This gene is a tumor suppressor and encodes a protein that binds to the eukaryotic translation initiation factor 4A1 and inhibits its function by preventing RNA binding. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2010]
PDCD4 (Programmed Cell Death 4) is a Protein Coding gene. Diseases associated with PDCD4 include Colorectal Cancer and Tongue Squamous Cell Carcinoma. Among its related pathways are mTOR signaling pathway (Pathway Interaction Database) and Proteoglycans in cancer. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include RNA binding and binding.
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0003723 | RNA binding | IEA | -- |
GO:0005515 | protein binding | IPI | 12054647 |
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0005634 | nucleus | IBA,ISS | -- |
GO:0005737 | cytoplasm | IMP | 16357133 |
GO:0005829 | cytosol | TAS | -- |
SuperPathway | Contained pathways | ||
---|---|---|---|
1 | MAPK Signaling: Mitogens | ||
2 | Apoptosis and Autophagy | ||
3 | Translational Control | ||
4 | MicroRNAs in cancer | ||
5 | Proteoglycans in cancer |
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0006915 | apoptotic process | TAS,NAS | 12054647 |
GO:0007569 | cell aging | IDA | 12054647 |
GO:0030509 | BMP signaling pathway | IDA | 18548003 |
GO:0034393 | positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process | IEA | -- |
GO:0035722 | interleukin-12-mediated signaling pathway | TAS | -- |
ExUns: | 1 | ^ | 2 | ^ | 3a | · | 3b | · | 3c | · | 3d | ^ | 4a | · | 4b | ^ | 5 | ^ | 6 | ^ | 7a | · | 7b | · | 7c | · | 7d | ^ | 8 | ^ | 9a | · | 9b | · | 9c | ^ | 10 | ^ | 11a | · | 11b | · | 11c | ^ | 12a | · | 12b | · | 12c | · | 12d | ^ |
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SP1: | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP2: | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP3: | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP4: | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP5: | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP6: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP7: | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP8: | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP9: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP10: | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP11: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP12: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP13: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP14: | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP15: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP16: |
ExUns: | 13a | · | 13b | ^ | 14a | · | 14b | · | 14c | ^ | 15 | ^ | 16 | ^ | 17a | · | 17b | · | 17c | ^ | 18 |
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SP1: | - | - | - | ||||||||||||||||||
SP2: | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||
SP3: | |||||||||||||||||||||
SP4: | |||||||||||||||||||||
SP5: | |||||||||||||||||||||
SP6: | |||||||||||||||||||||
SP7: | |||||||||||||||||||||
SP8: | |||||||||||||||||||||
SP9: | |||||||||||||||||||||
SP10: | |||||||||||||||||||||
SP11: | |||||||||||||||||||||
SP12: | |||||||||||||||||||||
SP13: | - | ||||||||||||||||||||
SP14: | |||||||||||||||||||||
SP15: | |||||||||||||||||||||
SP16: |
This gene was present in the common ancestor of eukaryotes.
Organism | Taxonomy | Gene | Similarity | Type | Details |
---|---|---|---|---|---|
Chimpanzee (Pan troglodytes) |
Mammalia | PDCD4 30 31 |
|
OneToOne | |
Dog (Canis familiaris) |
Mammalia | PDCD4 30 31 |
|
OneToOne | |
Oppossum (Monodelphis domestica) |
Mammalia | PDCD4 31 |
|
OneToOne | |
Cow (Bos Taurus) |
Mammalia | PDCD4 30 31 |
|
OneToOne | |
Platypus (Ornithorhynchus anatinus) |
Mammalia | -- 31 |
|
OneToMany | |
-- 31 |
|
OneToMany | |||
Mouse (Mus musculus) |
Mammalia | Pdcd4 30 17 31 |
|
OneToOne | |
Rat (Rattus norvegicus) |
Mammalia | Pdcd4 30 |
|
||
Chicken (Gallus gallus) |
Aves | PDCD4 30 31 |
|
OneToOne | |
Lizard (Anolis carolinensis) |
Reptilia | PDCD4 31 |
|
OneToOne | |
Tropical Clawed Frog (Silurana tropicalis) |
Amphibia | pdcd4 30 |
|
||
Str.6786 30 |
|
||||
African clawed frog (Xenopus laevis) |
Amphibia | pdcd4-prov 30 |
|
||
Zebrafish (Danio rerio) |
Actinopterygii | pdcd4b 30 31 |
|
OneToOne | |
pdcd4 30 |
|
||||
Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) |
Actinopterygii | Omy.1132 30 |
|
||
African malaria mosquito (Anopheles gambiae) |
Insecta | AgaP_AGAP000378 30 |
|
||
Fruit Fly (Drosophila melanogaster) |
Insecta | Pdcd4 30 31 |
|
OneToOne | |
CG10990 32 |
|
|
|||
Thale Cress (Arabidopsis thaliana) |
eudicotyledons | AT4G24800 30 |
|
||
Rice (Oryza sativa) |
Liliopsida | Os08g0120500 30 |
|
||
Sea Squirt (Ciona savignyi) |
Ascidiacea | CSA.2910 31 |
|
OneToOne | |
Sea Vase (Ciona intestinalis) |
Ascidiacea | Cin.4897 30 |
|
SNP ID | Clinical significance and condition | Chr 10 pos | Variation | AA Info | Type |
---|---|---|---|---|---|
710229 | Benign: not provided | 110,894,480(+) | C/T | SYNONYMOUS_VARIANT | |
747235 | Benign: not provided | 110,881,291(+) | G/A | SYNONYMOUS_VARIANT | |
VAR_036375 | A breast cancer sample | p.Gly120Arg | |||
rs11548765 | - | p.Ser48Tyr | |||
rs7081726 | - | p.Ile36Val |
Disorder | Aliases | PubMed IDs |
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colorectal cancer |
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tongue squamous cell carcinoma |
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lung cancer |
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breast cancer |
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|
esophageal cancer |
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