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Calpain, a heterodimer consisting of a large and a small subunit, is a major intracellular protease, although its function has not been well established. This gene encodes a muscle-specific member of the calpain large subunit family that specifically binds to titin. Mutations in this gene are associated with limb-girdle muscular dystrophies type 2A. Alternate promoters and alternative splicing result in multiple transcript variants encoding different isoforms and some variants are ubiquitously expressed. [provided by RefSeq, Jul 2008]
CAPN3 (Calpain 3) is a Protein Coding gene. Diseases associated with CAPN3 include Muscular Dystrophy, Limb-Girdle, Autosomal Recessive 1 and Muscular Dystrophy, Limb-Girdle, Autosomal Dominant 4. Among its related pathways are Degradation of the extracellular matrix and nNOS Signaling in Skeletal Muscle. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include calcium ion binding and peptidase activity. An important paralog of this gene is CAPN9.
Calpains are a group of calcium-sensitive cysteine proteases that are ubiquitously expressed in mammals. Structurally, calpains contain two subunits; an 80 kDa catalytic subunit and a 28 kDa regulatory subunit that functions as a chaperone to stabilize the 80 kDa structure.
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0003824 | catalytic activity | IDA | 9642272 |
GO:0004198 | calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity | IEA,TAS | 9642272 |
GO:0005509 | calcium ion binding | IEA,ISS | -- |
GO:0005515 | protein binding | IPI | 20860623 |
GO:0008233 | peptidase activity | IEA,IDA | 9642272 |
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0005622 | intracellular | TAS | 7720071 |
GO:0005623 | cell | IEA | -- |
GO:0005634 | nucleus | IDA | 19386580 |
GO:0005737 | cytoplasm | IBA,IDA | 19386580 |
GO:0005829 | cytosol | ISS | -- |
SuperPathway | Contained pathways | ||
---|---|---|---|
1 | nNOS Signaling in Skeletal Muscle |
nNOS Signaling in Skeletal Muscle
.37
Caspase Cascade
.36
|
Calpain Protease Regulates Cellular Mechanics
.31
|
2 | Degradation of the extracellular matrix | ||
3 | Apoptosis Pathway | ||
4 | B Cell Receptor Signaling Pathway (sino) | ||
5 | ERK Signaling |
ERK Signaling
.61
|
GO ID | Qualified GO term | Evidence | PubMed IDs |
---|---|---|---|
GO:0006508 | proteolysis | IEA,IDA | 9642272 |
GO:0006915 | apoptotic process | TAS | 19386580 |
GO:0007517 | muscle organ development | TAS | 9642272 |
GO:0012501 | programmed cell death | IEA | -- |
GO:0014718 | positive regulation of satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration | ISS | -- |
Name | Status | Disease Links | Group | Role | Mechanism of Action | Clinical Trials |
---|---|---|---|---|---|---|
L-aminocarnityl-succinyl-leucyl-argininal-diethylacetal | Investigational | Pharma | Target | 0 | ||
Calcium | Nutra | 6556 | ||||
PD 150606 | Pharma | Non-peptide calpain inhibitor | 0 | |||
PD 151746 | Pharma | calpain inhibitor, cell-permeable | 0 | |||
Calpeptin | Pharma | Ca2+-dependent protease,calpain inhibitor, Calpain and cathepsin L inhibitor | 0 |
ExUns: | 1a | · | 1b | ^ | 2 | ^ | 3 | ^ | 4 | ^ | 5 | ^ | 6 | ^ | 7a | · | 7b | · | 7c | · | 7d | ^ | 8a | · | 8b | ^ | 9a | · | 9b | ^ | 10 | ^ | 11 | ^ | 12 | ^ | 13 | ^ | 14 | ^ | 15a | · | 15b | ^ | 16 | ^ | 17 | ^ | 18 | ^ | 19 | ^ |
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SP1: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP2: | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP3: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP4: | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP5: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP6: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP7: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP8: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP9: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP10: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP11: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP12: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP13: | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP14: | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP15: | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP16: | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP17: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP18: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP19: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP20: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP21: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP22: |
ExUns: | 20 | ^ | 21 | ^ | 22 | ^ | 23 | ^ | 24 | ^ | 25 | ^ | 26 | ^ | 27 | ^ | 28 | ^ | 29 | ^ | 30 | ^ | 31a | · | 31b | ^ | 32a | · | 32b | ^ | 33 | ^ | 34 | ^ | 35 | ^ | 36 | ^ | 37a | · | 37b | ^ | 38 | ^ | 39 | ^ | 40 | ^ | 41 | ^ | 42 | ^ |
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SP1: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP2: | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP3: | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP4: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP5: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP6: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP7: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP8: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP9: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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SP20: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP21: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP22: |
ExUns: | 43 | ^ | 44 | ^ | 45a | · | 45b | · | 45c | ^ | 46a | · | 46b | ^ | 47a | · | 47b | ^ | 48a | · | 48b | · | 48c | ^ | 49a | · | 49b | ^ | 50 | ^ | 51 | ^ | 52 | ^ | 53 | ^ | 54 | ^ | 55 | ^ | 56 | ^ | 57 | ^ | 58 | ^ | 59 |
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SP1: | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP2: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP3: | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP4: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP5: | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP6: | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP7: | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP8: | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP9: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP10: | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP11: | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP12: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP13: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP14: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP15: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP16: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP17: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP18: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP19: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP20: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP21: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SP22: |
This gene was present in the common ancestor of animals.
Organism | Taxonomy | Gene | Similarity | Type | Details |
---|---|---|---|---|---|
Chimpanzee (Pan troglodytes) |
Mammalia | CAPN3 31 |
|
OneToOne | |
Dog (Canis familiaris) |
Mammalia | CAPN3 30 31 |
|
OneToOne | |
Cow (Bos Taurus) |
Mammalia | CAPN3 30 31 |
|
OneToOne | |
Rat (Rattus norvegicus) |
Mammalia | Capn3 30 |
|
||
Mouse (Mus musculus) |
Mammalia | Capn3 30 17 31 |
|
OneToOne | |
Oppossum (Monodelphis domestica) |
Mammalia | CAPN3 31 |
|
OneToOne | |
Chicken (Gallus gallus) |
Aves | CAPN3 30 31 |
|
OneToOne | |
Lizard (Anolis carolinensis) |
Reptilia | CAPN3 31 |
|
OneToOne | |
Tropical Clawed Frog (Silurana tropicalis) |
Amphibia | LOC100497532 30 |
|
||
Zebrafish (Danio rerio) |
Actinopterygii | capn3a 30 31 |
|
OneToMany | |
capn3b 31 |
|
OneToMany | |||
Fruit Fly (Drosophila melanogaster) |
Insecta | CalpA 32 |
|
|
|
CalpB 32 |
|
|
|||
CalpC 32 |
|
|
|||
Worm (Caenorhabditis elegans) |
Secernentea | clp-7 32 |
|
|
|
clp-6 32 |
|
|
|||
clp-3 32 |
|
|
|||
Sea Squirt (Ciona savignyi) |
Ascidiacea | CSA.4609 31 |
|
OneToMany |
SNP ID | Clinical significance and condition | Chr 15 pos | Variation | AA Info | Type |
---|---|---|---|---|---|
536518 | Uncertain Significance: Limb-girdle muscular dystrophy, type 2A | 42,359,901(+) | TG/CA | MISSENSE_VARIANT | |
560538 | Likely Pathogenic: Limb-girdle muscular dystrophy, type 2A | 42,410,445(+) | GCTCAACCTGCAGGAG | SPLICE_ACCEPTOR_VARIANT,SPLICE_DONOR_VARIANT,STOP_LOST,INFRAME_DELETION | |
638430 | Uncertain Significance: CAPN3-Related Disorders | 42,386,277(+) | C/T | MISSENSE_VARIANT | |
640086 | Uncertain Significance: Limb-girdle muscular dystrophy, type 2A | 42,399,626(+) | C/T | MISSENSE_VARIANT | |
644926 | Uncertain Significance: Limb-girdle muscular dystrophy, type 2A | 42,410,983(+) | G/A | MISSENSE_VARIANT |
Variant ID | Type | Subtype | PubMed ID |
---|---|---|---|
nsv1108951 | CNV | deletion | 24896259 |
nsv1113707 | CNV | deletion | 24896259 |
nsv1138360 | CNV | deletion | 24896259 |
nsv832986 | CNV | loss | 17160897 |
nsv832987 | CNV | gain | 17160897 |
Disorder | Aliases | PubMed IDs |
---|---|---|
muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 1 |
|
|
muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal dominant 4 |
|
|
calpain-3-related limb-girdle muscular dystrophy r1 |
|
|
paresthesia |
|
|
progressive muscular atrophy |
|
|